Molekularni sita tipa Y ima blisku šesterokutnu strukturu sličnu dijamantu. Ako se beta kavez koristi kao strukturna jedinica za zamjenu čvorova atoma ugljika iz dijamanta, a dva susjedna beta kaveza povezana su s šesterokutnim stupanskim kavezima, to jesu, pet beta kaveza povezani su s četiri šesterokutna kaveza, od kojih je jedan beta kaged smješten u središtu i u središtu, a u središtu su se nalazili u oktahedtu, formira se kristalna struktura zeolita. Nastavljajući se povezati s ovom strukturom, dobiva se struktura molekularnog sita Y tipa. U ovoj strukturi, veliki kavez formiran u β kavezu i šesterokutni kavez je osmostrani zeolitni kavez, a njihove međusobno povezane rupe prozora su dvanaest binarnih prstenova, čija je prosječna efektivna veličina pora 0,74nm, što je veličine pora molekularnih sisa y-tipa. Molekularno sito molekularno sito molekularno sito i y je potpuno ista, ali omjer molekularnog silika aluminijskog silika tipa Y je visok, hidrotermalna stabilnost je jaka, tako da se šire koristi.
